La Basilica di Sant’Elia sorge al centro della Valle Suppentonia nella grande ansa che si apre tra lo scoglio di S. Anna ed il ciglione di S. Michele ed è un Monumento Nazionale,in puro stile romanico, con presenze di elementi decorativi  di origine lombarda. Una tradizione millenaria vuole che in quel luogo sorgesse un tempio dedicato a Diana cacciatrice, per volere dell’imperatore Nerone, e che, già nel periodo etrusco, qui sorgesse un Delubro dedicato al dio Falacro. Durante il IV e V secolo era iniziato, in questa Valle il fenomeno della vita eremitica all’interno di grotte rupestri, le antiche tombe falische. Infatti, la valle Suppentonia che accoglie la Basilica, ospitò i primi  anacoreti che introdussero la vita religiosa in Occidente.

La prima notizia relativa alla basilica ci perviene dai “Dialoghi di Gregorio Magno”, anche se scarse sono le notizie tratte dai documenti, si può ipotizzare, dai numerosi ritrovamenti, che il periodo di massimo splendore della Basilica si ebbe intorno al sec. XI.

E’ grazie alle bolle papali che si può ricostruire la storia del monumento. Le prime notizie risalgono al 1076 con la citazione di Gregorio VII, segue quella di “Bonifacio Abbati S. HeliaeFellerensis”. Innocenzo III annovera la Basilica nel 1211 tra le proprietà di S. Paolo fuori le mura. Nel 1258 Alessandro IV con una bolla ne decreta il passaggio ai Canonici di S. Pietro in Sassia, i quali, successivamente, aggiunsero la torre campanaria. Nel 1540 Paolo III donava la Basilica al nipote Pier Luigi Farnese. Durante il periodo Farnesiano (1540/1649) furono apportate numerose riparazioni tra le quali, da ricordare, la ricostruzione della parete laterale di sinistra 1607, conseguente alla caduta di un masso staccatosi dalla parete tufacea della rupe. Alla fine del 1960 venne restaurata l’intera superficie; successivamente, venne completamente rifatta la copertura della chiesa e realizzato l’attuale pavimento esterno in acciottolato, delimitato dai reperti archeologici romani. Nel 1994 si restaurarono le superfici scultoree dei portali della facciata. Il restauro consentì di consolidare il portale principale e di rimuovere lo strato di licheni e muschio che impediva la visione delle decorazioni scultoree.